украинский историк, искусствовед, археолог. Изучал памятники различных эпох (в т. ч. культурно связанные с Востоком) на территории многих губерний России (Новгородской, Тверской, Ярославской, Владимирской), также на территориях Украины, Поволжья, Казахстана.
После Лохвицкой гимназии учился в Петербургской школе технического рисования им. А. Штиглица, с 1902 по 1905 гг. – в Петербургском археологическом институте. Исследовательскую деятельность начал в Эрмитаже (ассистент, помощником заведующего античным отделом Эрмитажа), тесно сотрудничая с Императорской Археологической комиссией. В 1902-1919 гг. проводил раскопки в Новгородской, Полтавской, Екатеринославской, Харьковской и др. В 1910 г. работал вместе с Н. К. Рерихом и Б. К. Рерихом на раскопках Великого Новгорода. Стал близким другом и сотрудником Н. К. Рериха. В 1913 г. совершил экспедицию в Сольвычегодск. В 1914 г. был командирован Обществом поощрения художников в Германию, в 1917 г. – Академией наук в Турцию, где выполнял работу по описанию и охране памятников Трапезунда и окрестностей. По материалам многочисленных экспедиций и исследований совместно с любителем русской старины А. А. Жуковым был подготовлен труд «Путевые заметки и наброски о русском искусстве». Но был издан небольшим тиражом только первый выпуск под названием «Белозерский край» (1914).
Печатался в журнале «Старые годы», преподавал на Высших женских архитектурных курсах, изучал художественное наследие М. Ломоносова и Т. Шевченко. В 1918 г. получил гражданство УНР и поселился в Киеве. В составе Софийской комиссии и Археологического Комитета исследовал Софийский собор, памятники Киевской Руси, Киево-Печерскую лавру, Михайловский Златоверхий собор. Участвовал в археологических раскопках Ольвии, Спасского собора в Чернигове, Крейдищанского комплекса вблизи Сум, Мариупольского могильника. Исследовал Трипольскую культуру. Вел раскопки скифских курганов. Первооткрыватель Мариупольского могильника – древнейшего в цепочке культур Северного Причерноморья, приводящей к ираноязычным скифам. В 1920-1925 гг. работал директором музея Искусств ВУАН, открывшегося на основе уникального собрания Ханенко. В 1925 г. протестовал против разрушения архитектурных памятников Киева. Именно благодаря принципиальной позиции Макаренко Софийский собор избежал участи Михайловского.
Был сотрудником Украинского института книговедения, научно-исследовательского учреждения, существовавшего в Киеве в 1922-1936 гг. на базе Главной Книжной палаты. При переводе столицы Советской Украины из Харькова в Киев планировались грандиозные архитектурные изменения. Нужен был новый «правительственный советский центр», и для этого было решено снести Софийский собор, Михайловский монастырь, Трехсвятительскую церковь. Впоследствии храм Софии решено было оставить, а на месте монастыря и Трехсвятительской церкви построить два дворца: Совнаркома и ЦК КП, а между ними поставить огромный памятник Ленину. Макаренко решительно выступил против этих проектов. В своем обращении к И. В. Сталину указывал на бессмысленность подобных решений. Был арестован 26 апреля 1934 г. по обвинению в принадлежности к КРО (по другим свидетельствам – за отказ подписать акт о сносе Михайловского Златоверхого собора Михайловского Златоверхого монастыря), сослан на три года в Казань, где преподавал в художественном техникуме, был консультантом Центрального музея. Повторно арестован 24 апреля 1936 г. по тому же обвинению и осужден на три года и отправлен в Томскую исправительно-трудовую колонию №2. 15 декабря 1937 г. в третий раз был арестован как «участник кадетско-монархической повстанческой организации». 25 декабря 1937 г. постановлением «тройки» УНКВД по Новосибирской области приговорен к расстрелу. Приговор приведен в исполнение, место захоронения неизвестно. Реабилитирован в 1960 г.