русский библиограф и библиофил, коллекционер и издатель. Из семьи военного. Детство провел в селе Шурове Зарайского уезда Рязанской губернии в имении своей матери — дочери екатерининского статс-секретаря и автора воспоминаний — А. М. Грибовского. Получив домашнее образование, поехал с родителями в Петербург, где в 1835 года поступил юнкером в гвардейскую артиллерию. В 1845 году вышел в отставку с чином штабс-капитана и занялся русской библиографией, увлекаясь нумизматикой.
С 1845 года Губерти работал над составлением библиографического свода русских изданий. В начале 1880-х годов он обнаружил на Сухаревке и опубликовал в 1885—1886 годах в журнале «Библиограф» «Записки Андрея Болотова» — один из важных документов литературной жизни России времен Екатерины II. Был сотрудником журналов «Русская старина» (1875—1878) и «Российская библиография» (1881). Основной его многолетний труд — «Материалы для русской библиографии. Хронологическое обозрение редких и замечательных русских книг XVIII столетия, напечатанных в России гражданским шрифтом» (М., 1878, 1881 и 1891, три тома), был удостоен Уваровской премии от Императорской Академии наук.
Собирал личную библиотеку, часть её была приобретена московским купцом Н. И. Носовым, которая почти вся сгорела в 1895 году. После смерти Губерти, все оставшиеся после него книги были куплены Д. В. Ульянинским. Увлекался также коллекционированием монет — его собрание включало редкие сохранившиеся монеты удельных русских князей.