российский ученый, академик АН СССР (1966), дважды Герой Социалистического Труда (1956, 1961), член Совета главных конструкторов ракетной и ракетно-космической техники, возглавляемого С. П. Королёвым. Лауреат Ленинской премии. Государственная премия СССР (1967).
Родился в семье военнослужащего. Русский. После окончания 9 классов школы в 1926 году, начал работать слесарем, а затем файнмехаником, в ЦАГИ. В 1930 году по направлению Андрея Туполева поступил в МВТУ имени Баумана. Дипломным проектом стал прибор «Жирограф», предназначенный для записи результатов измерений угловых скоростей самолёта. Окончил МВТУ имени Баумана в 1935 году, работал в ЦАГИ, Лётно-испытательном институте.
В 1943 году защитил кандидатскую диссертацию. В 1944 году работал в отделе управления НИИ-1 по ракетной технике. В 1944—1946 годах изучал по обломкам немецкую баллистическую ракету Фау-2.
По предложению Сергея Королёва Пилюгин в 1946 году стал главным конструктором автономных систем управления в НИИ-885 и членом Совета главных конструкторов. Вёл разработку автоматизированной системы управления баллистической ракеты Р-1.
Разрабатывал системы управления ракет Р-1, Р-7 (выводившей на орбиту Спутник-1 и первого космонавта), руководил разработкой систем управления многих межпланетных станций, ракет «Протон», советского космического челнока «Буран».
В 1969 году был назначен заведующим кафедрой Московского института радиотехники, электроники и автоматики.
Избирался депутатом Верховного Совета СССР 7—10-го созывов.